增值税是中国现行税制中重要的一种税种，它主要用于收取企业在生产经营过程中的税收。由于企业纳税人报税时存在各种原因，计算出的税款数额可能与实际应缴的税款存在差错，此时需要对纳税申报进行更正。

首先，当纳税人发现已经纳税申报的税款存在差错时，应当及时向税务机关报告，并在规定时限内提出更正申请。更正申请时，需要提供有关证明文件，以证明其申报数据存在差错的原因，并准确说明应缴的税款数额。

其次，税务机关在接到更正申请后，会根据提供的证明文件和相关税收条例，进行审核和核实，认定该更正申请是否可行。如果审核通过，税务机关会向纳税人出具更正证明，以证明更正税款数额的正确性。

此外，纳税人在更正税款时，需要注意一些问题，如更正申请提交时间，税款计算准确性等。一般来说，纳税人需要在收到税务机关出具的更正证明后，及时补缴更正的税款，以避免受到违法处罚。

总之，增值税纳税申报更正是一项重要的税收程序，纳税人在实施更正时，要按照相关规定，准确填写申报表，提供有效证明文件，以确保更正支付的税款符合法律规定并可以被及时准确地收取。